《不良执念清除师》剧中每一个执念背后，都有令人心碎的故事，每两集的故事层层递进，在讲神鬼执念之时。其实更多的是在呈现故事核心里的霸凌、丧子、孤独、嫉妒、家暴等极具现实主义的社会问题。
第1集
资优生曹光砚什么都好，唯一不好的是惹到了学校小混混蒲一永，蒲一永处处针对曹光砚，老师们想出主意要蒲一永用毛笔抄写心经反省，却没想到蒲一永的书法竟写得行云流水。春节将至，一永与父亲陪同祖父应邀参加警局举办的春联赠字活动，一家三口乘坐的公车遭到失事飞机撞上，墨水交杂宣纸漫天飞舞着，一永勉强撑开眼睛看见了倒在血泊中的爷爷，还有个全身被黑砂包覆的怪物，瞬间移动来到了他眼前。
第2集
深夜一辆重机自撞起火，拖着残破身体的他，潜入了一永房间，开口要一永帮他，一永看到他的样貌，直接吓晕。僵持一天一夜后，一永拖着他回到出事现场。另一边负责事发现场的员警陈楮英从上百个监视器画面中，发现了蒲一永重回案发现场的身影。楮英认定一永与案件有关。苦于被警察当成嫌犯的一永，只好让楮英亲眼看看这个他。害怕至极的楮英虽说不完全相信眼前所见，竟也因此察觉这场交通意外并不像表面单纯。
第3集
车祸意外的死者残存的一丝执念，引导他回到家，拜别老父母。一永与楮英寻回他时，他竟变得异常虚弱，身上不断有红丝线冒出。他请求一永赐字，让他可以脱离原本的躯体，自由自在。一永忽然想到拿来爷爷书法教室的抽字箱。一阵风起，木箱内的纸纷纷飘出，一永心情镇定，将飘下来的文字，磨墨提笔写下，充满力量的文字包裹着他，终于让他恢復力气，瞬间跳上屋顶离开。楮英拼凑出车祸的隐情，与一永合作下真相水落石出。两人都好奇他原本的样貌是什么，来到案发的河边下水打捞。
第4集
蒲一永的死对头曹光砚因父亲失业，搬到了一永家隔壁。光砚某天帮忙医学院学长整理大体实验室后，就一直看到枯花瓣出现在脚下，光砚觉得诡异，偶然与一永同桌吃饭，发现一永竟也看到了枯花。一永不耐光砚追问，随手画出看到的景象，一名古代仕女倚着一颗花树慢慢浮现在光砚眼前！仕女央求一永帮忙在大体腐化前找到「那个人」的名字，一永不得已之下，要带回他的光砚与警察楮英一起帮忙。然而，要找到那个人生前的线索，并不如想像中容易。
第5集
光砚的课堂上，仕女突然现身，脸上及身上皮肤、衣服一片片地剥落。原来，当仕女身旁的花树完全枯死时，大体将腐化成為寻常尸体，眼看腐化速度越来越快，光砚急忙找学长帮忙修复大体老师。而一永辗转找到当时与「那个人」生前同公司的老员工，却被当成是恶性资遣的原公司打手，老员工与一永大打出手，闹到警局。笔录结束，老员工路过地下道时，回想到以前与那个人工作的情形。透过警察，老员工将那个人的关键讯息转交给一永。
第6集
一永三人终于找到那个人的住处，也从众人口中拼凑出他生前的轨跡。仕女看着他的名字与照片流下了眼泪，一永再次写下赠字给仕女，一时间墨气包围仕女，林永川突然出现在仕女眼前。怪物们各自给了一永纸片，他们都是凭藉着有毛笔字的纸片才找到一永。这天一永不停跌倒，原来是持有另一张纸片的怪物找上门，要一永帮他寻回他那被人类诱拐的小孩。一永崩溃找上楮英帮忙，楮英对怪物展开侦讯。
第7集
楮英调查发现诱拐犯是一个一年半前丧子的父亲─余镇元。一永与光砚跟踪余镇元，发现余镇元将怪物的小孩当成自己的小孩，带着他重温自己与小孩的时光。一永生气并且才惊觉自己也无意中将光砚的父亲，当成自己父亲的投射对象。一永直接找上余镇元，一直沉浸在小孩意外坠楼的罪恶感中走不出来的他，被一永点破心思，再也无法欺骗自己了。
第8集
余镇元坠楼后醒来，却发现自己竟然还身处公园里，身边坐着一永。原来一永早已请人行道流氓帮忙保护余镇元。一永用着自己的经历劝慰余镇元，看着一永送的画像，从幻境回到现实的余镇元短暂地得到了一丝慰藉。这天，一直想知道公车出事当时状况的一永，与楮英、光砚一起查看出事当天的监视器画面，却看到怪物们形容的、指引他们找上一永的诡异老太太，出现在公车上。也就在当天晚上，公车上被黑砂包覆的怪物老太太找上了一永。不断重复出现的梦境，让一永不解又困扰，于是他寻求光砚的帮助。
第9集
一永在梦境里看到爷爷对怪物们的请求视而不见，怪物老太太也现身批评爷爷自私，一永不解。此时又有怪物找上了一永，但怪物外型在小学生到高中生之间不停变化，看得一永头晕。光砚积极催促一永帮他找到身份，就在一永外送餐点时，竟看到了怪物本体——展示在艺品店橱窗的真人娃娃。艺品店主人何姐悲伤地说着，娃娃是他按照九岁女儿失踪的模样造出来的。楮英从一永口中得知案件，热血涌出立即查找当初的绑票案，三人竟找出了当年都被忽略的绑票案关键。
第10集
楮英、一永与光砚组成了破案小队，还与时常带着手作小蛋糕来示好的和真一起抽丝剥茧找出案件中不自然的地方。楮英像是当上组长一样指派任务，光砚暗中接近嫌犯的关系人，竟发现了与橱窗娃娃身上一模一样的装饰品；而一永却因擅闯嫌疑人的店家被抓进派出所。楮英几番审问嫌犯都没结果，一永决定带着光砚找上嫌犯，就在一闪一灭的灯光中，嫌犯看见从当年那个下午起，就失踪的小女孩。
第11集
多年后何姐终于确定女儿下落，感受到何姐的悲伤，一永却不知如何面对。在妈妈的开导下，一永想到了一个，能抚慰何姐伤痛的方法。光砚在事件结束后，震惊地发现一永的秘密身份。而楮英与和真的关系在共同解决案件后似乎往前迈进了。楮英破了多年未解决的案件，兴高采烈的带着啤酒与一永、光砚庆功，得意忘形的样子惹得一永生气离席。一永的爷爷突然病危，急救当下，一永发现诡异的老太太瞬间出现在病床旁，对着爷爷的心脏出手。
第12集
诡异的老太太突然出现在曹爸的摊子上。一永生气地质问老太太几年前那场车祸意外，老太太向一永开诚布公，并且要求一永帮他，做一件一永不可能办到的事。光砚与楮英收到一永久违的讯息，两人喜出望外，楮英有些别扭地与一永和好了。一永随即又递上新的怪物传来的只字片语，楮英二话不说接手调查。三人来到怪物指引的渔网工厂，发现了一对形体交缠的双生子。
